Matthias Hanke übernahm nach einem Studium der Musikpädagogik und Kirchenmusik in Regensburg, Bayreuth und München (Abschluss A-Examen) die Leitung der berufsvorbereitenden Musikausbildung an der bayrischen Landesschule für Blinde in München. 1995 trat er die Kirchenmusikerstelle an der romanischen Martinskirche in Sindelfingen an, bevor er 2003 von Landesbischof Gerhard Maier als bis dahin jüngster in der Geschichte der Landeskirche zum Kirchenmusikdirektor ernannt wurde.

Matthias Hanke war zugleich Bezirkskantor im Evangelischen Kirchenbezirk Böblingen. Er leitete mehrere Chöre und unternahm mit seinen Ensembles Konzertreisen in verschiedene Länder u. a. Brasilien, Südafrika, Italien, Polen, Frankreich, Spanien und Russland.

Im Jahr 2016 trat er das Amt des Landeskirchenmusikdirektors (LKMD) der Evangelischen Landeskirche Württemberg an. Seit 2018 ist er Beiratsvorsitzender der Stiftung Singen mit Kindern und darüber hinaus auch Beiratsvorsitzender der Kohelet GmbH & Co KG, die 2019 die Lieder-App Cantico veröffentlichte.