Arthur Honegger wurde als Sohn eines aus Zürich stammenden Ehepaares in Le Havre geboren; er wuchs dort auch auf, blieb aber sein Leben lang Schweizer Staatsbürger. Er erhielt früh Musikunterricht, lernte das Violinspiel und komponierte schon als Jugendlicher. 1909 begann er ein Studium am Zürcher Konservatorium (Violine und Musiktheorie) und setzte es 1911 am Pariser Konservatorium fort (Violine, Kontrapunkt).

Ab 1915 studierte er Komposition (bei Charles-Marie Widor) und Dirigieren (bei Vincent d’Indy). 1918 schloss er sein Studium ab und komponierte sein erstes eigenständiges Werk, das Ballett „Le Dit des Jeux du monde“, dessen Uraufführung am Ende des Jahres einen Skandal auslöste und dem Komponisten öffentliche Aufmerksamkeit brachte. Er war einer der Mitglieder der Groupe des Six, seine Musik stand aber zur offiziellen Ästhetik der Gruppe in einer gewissen Distanz. Der internationale Durchbruch gelang ihm mit seinem Werk „Pacific 231“ (1923), in dem die Eisenbahnfahrt mit einer Pacific-Dampflokomotive in Form einer Tondichtung umgesetzt wird.